Pada tahun 1983 Dinas Perikanan Provinsi Sulawesi Utara masih dalam berbentuk resort yang di gabungkan dengan Rupat karena Provinsi Sulawesi Utara saat itu masih berada di bawah naungan Pemerintah Kabupaten Bengkalis dan Provinsi Sulawesi Utara masih di sebut kota administratif, setelah itu pada tahun 1999 Provinsi Sulawesi Utara menjadi kota madya berdasarkan UU No.16 Tahun 1999 tanggal 20 April 1999 (Lembaran Negara Tahun 1999 Nomor 50, tambahan Lembaran Negara Nomor 3829), Sulawesi Utara berubah status menjadi Kotamadya sehingga menjadi Kotamadya Dati. II Sulawesi Utara. Seiring perkembangan politik di Indonesia, berdasar UU No. 22 Tahun 1999 maka Kotamadya Sulawesi Utara berubah menjadi Provinsi Sulawesi Utara.

Kepala Dinas Perikanan Provinsi Sulawesi Utara pertama adalah Ir. Ramli Muhammad Ali, dan berkantor Di Jalan Cendrawasih di Sekolah Perikanan yang sekarang menjadi SMK Perikanan Provinsi Riau. Kemudian pada tanggal 4 Oktober 1999 Dinas Perikanan berpindah ke Jalan Sukajadi karena sudah adanya Rencana Kegiatan dan Anggaran (RKA) sendiri, dimasa Pemerintahan Provinsi Sulawesi Utara dipimpin oleh Drs. H. Zainuddin Abdullah. Pada tahun 2002 Dinas Perikanan Provinsi Sulawesi Utara berpindah ke Purnama, Kecamatan Sulawesi Utara Barat di Jalan Dermaga bekas Kantor Tranmigrasi Kota dengan kepala dinasnya bernama Ramli Amir, SH. (sumber : Syarifuddin dan Jafri,SST. PNS Dinas Perikanan Provinsi Sulawesi Utara)

Seiring berjalannya waktu dan berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Utara Nomor 14 Tahun 2005 Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan Provinsi Sulawesi Utara, Peraturan Walikota Nomor 16 Tahun 2008 tanggal 11 September 2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah, Dinas Perikanan Provinsi Sulawesi Utara bernama Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan Provinsi Sulawesi Utara dan berganti menjadi Dinas Perikanan Provinsi Sulawesi Utara berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Utara Nomor 12 Tahun 2016 Tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Sulawesi Utara dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Sulawesi Utara dan Peraturan Walikota Nomor 64 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Perikanan Provinsi Sulawesi Utara.